1. المعارف الإسلاميّة
بالنظر إلى ثروة المعرفة الموجودة في دين الإسلام المبين،  يتعرّف الطلاب في هذا المجال على المعارف الإسلاميّة ويكتسبون الاستعداد الكافي للردّ على الشبهات مستعينين بالآيات المباركة من القرآن الكريم، وروايات أهل البيت ع، وكذلك باستخدام الحجج العقلانية.
بعض الدروس التخصّصيّة في هذا الفرع: المعارف القرآنيّة، مباني الفقه والأصول، الفقه، معارف الشيعة، سيرة المعصومين ع، تأريخ التشيّع، التعرّف على الأحاديث، معارف نهج البلاغة، الأخلاق الإسلاميّة، المسائل الجديدة في علم الكلام، علم المعرفة ومباني المعرفة الدينيّة، تأريخ القرآن الكريم، التاريخ التحليلي المعاصر، الستر في الإسلام، تاريخ الثقافة والتمدن الإسلاميّ، النظام السياسيّ في الإسلام، النظام القانونيّ في الإسلام، الإدارة الإسلاميّة، الاقتصاد الإسلاميّ، التعليم والتربية في الإسلام، أصول علم الاجتماع، علم النفس، المهدويّة، البهائيّة والوهابيّة، التعرّف على العرفان الإسلامي، اللغة الانجليزيّة (النصوص الإسلاميّة التخصّصيّة) و...
2. المعارف الإسلاميّة وعلم الكلام
رسالة علم الكلام هي شرح وتثبيت المعتقدات الدينيّة والمذهبيّة. بُذلت جهود مكثّفة في العصر الحالي ضدّ الأسس والمعتقدات الإسلاميّة، وأثيرت شبهات مختلفة حول القضايا العقديّة للإسلام من قبل المناهضين للدّين. انطلاقًا من هذا الأمر سيتمكن الطلاب في هذا الفرع الدراسيّ من الردّ على الشبهات الدينيّة في هذا المجال؛ وذلك من خلال تعلّم العلوم والمعارف الإسلاميّة وتعزيز معتقداتهم الدينيّة.
بعض الدروس التخصّصيّة في هذا الفرع: اللغة التخصصيّة (النصوص الفلسفيّة والكلاميّة)، المنطق الجديد، التفكّر النقديّ، نظريّة المعرفة ومباني المعرفة الدينيّة، فلسفة العلوم التجريبيّة، تأريخ فلسفة الغرب، تاريخ الفلسفة الإسلاميّة، التعرّف على البهائيّة والوهابيّة، تاريخ التصوف والعرفان، مباني العرفان، التعرّف على الأديان الكبرى، علم الكلام الإسلاميّ، علم الكلام بين الأديان، علم الكلام مقارنة بين المذاهب، نقد الفكر العلمانيّ، الإنسانيّة والليبراليّة، فلسفة الأخلاق، علم الكلام الحديث، التاريخ ومتون الكلام الإسلاميّ، و...
3. المعارف الإسلاميّة والعلوم القرآنيّة
القرآن الكريم هو نور الهداية لأهل العلم، وأنيس الأتقياء، ومُطهّر قلوب العارفين، وأساس ثقافة الحياة وطقوسها. ويُعدّ تعريف الناس بثقافة القرآن الكريم ضرورة عقليّة ودينيّة. ومن المؤمّل أن يُسقي طلاب هذا المجال والآخرين حياتهم من نبع الوحي الصافي ويُحدثوا ثورة في أعماق نفوسهم بنور القرآن الكريم، وأن يهتدوا إلى طريق الحق والصراط المستقيم.
بعض الدروس التخصّصيّة في هذا الفرع: تاريخ تفسير القرآن، تفسير القرآن، علوم القرآن، تأريخ القرآن، اللغة التخصّصيّة، و...
4. المعارف الإسلاميّة والأديان
الهدف من دراسة هذا الفرع هو تعريف الطلاب بمختلف ديانات العالم، بما في ذلك الديانات التوحيديّة وغير التوحيديّة، وتعريفهم بالنصوص المقدّسة، والالهيّات، والمسائل الفقهيّة والأخلاقيّة للأديان. فمن خلال معرفة السمات المشتركة للأديان المختلفة يمكن اكتشاف كيفيّة التفاعل معها، ومن خلال مقارنة تعاليم الأديان بعضها مع بعض يمكن لنا التعرّف على نقاط قوّتها وضعفها، وإعطاء إجابات مناسبة للشبهات المختلفة التي أثيرت في هذا المجال. أخيرًا، يمكن اعتبار أنّ أهمّ ميزة للتعرّف على هذا المجال هي الفهم الصحيح لشمولية الدّين الإسلاميّ المبين.
بعض الدروس التخصّصيّة في هذا الفرع: اللغة التخصصيّة (النصوص المقدّسة في الأديان)، منهجيّة الأديان، الأديان القديمة والابتدائيّة، الأديان التوحيديّة، أديان الشرق، أديان الشرق الأقصى، تاريخ التصوّف والعرفان، تاريخ الفلسفة الإسلاميّة، تأريخ فلسفة الغرب، فلسفة الدّين، فلسفة العلوم التاريخيّة، علم اجتماع الدّين، و...
5. المعارف الإسلاميّة والأخلاق
في الواقع يتمّ في هذا الفرع مناقشة المبادئ الأساسيّة والمبادئ التوجيهيّة للأخلاقيّات الحيويّة في مختلف مجالات الحياة بناءً على مبادئ الأخلاق الإسلاميّة. الغرض من تعليم هذا الفرع الدراسيّ هو تعريف الطلاب بالعرفان، والأخلاق، والسيرة الأخلاقيّة لأهل البيت ع ومدارس الأخلاق الإسلاميّة، والأخلاق في مختلف ديانات العالم.
بعض الدروس التخصصيّة في هذا الفرع: التعرّف على العرفان الإسلاميّ، فلسفة التعليم والتربية الإسلاميّة، السيرة الأخلاقيّة.. التربويّة لنبيّ الإسلام ’ وأهل البيت  ع، معارف نهج البلاغة، تاريخ الإمامة، التاريخ ومدارس الأخلاق الإسلاميّة، الأخلاق في اليهوديّة، المسيحيّة والأديان الشرقيّة، التعليمات الأخلاقيّة.. العرفانيّة، علم النفس العام، علم النفس التنمويّ، سيكولوجيّة التحفيز والإثارة، علم نفس الشخصيّة، و...
6. المعارف الإسلاميّة والعلوم التربويّة
العلوم التربويّة هي فرع متعدد التخصّصات، تمّ إنشاؤه باستخدام نتائج العلوم المختلفة، مثل: علم النفس، وعلم الاجتماع، والاقتصاد، والبيانات الثقافيّة والدينيّة والفلسفيّة، مع التركيز على أساليب العلم والفلسفة وبهدف تطبيق هذه العلوم في تربية البشر. الغرض من تعلّم هذا المجال هو تعريف الطلاب بطرق التعليم والتربية وأصولهما، والتعرّف على الأساليب وتكنولوجيا التعليم، وطرق البحث في القضايا التربويّة و...
بعض الدروس التخصصيّة في هذا الفرع: التعرّف على تكنولوجيا التعليم، التقييم والقياس في العلوم التربويّة، التعرّف على الاستشارة والإرشاد، علم النفس الاجتماعيّ في التربية والتعليم، التربية والتعليم العام من منظور إسلاميّ، قضايا الشباب والمراهقين، أساليب البحث في العلوم التربويّة و ...