المجلس العلميّ عبارة عن أعضاء الهيئة العلميّة وخبراء قانونيين وحقيقيين، التي يرأسها سماحة حجة الإسلام الدكتور السيّد أحمد رهنمايي. 
يضمُّ هذا المجلس ثلاثة أمناء تربويين وبحثيين وتنفيذيين، ولكلّ واحدٍ منها واجبات، ويتمّ تعريفه من قبل رئيس المجلس، ويتمّ تعيينه بعد تأييد رئيس المركز وموافقة مجلس إدارة المعهد.
كما يتكوّن المجلس العلميّ من ثلاثة أعضاء في الهيئة العلميّة ويتمّ تقديمهم من قبل رئيس المجلس، ويكون تنصيبهم بعد تأييد رئيس المركز وموافقة مجلس إدارة المعهد.

مهام المجلس العلميّ العامّة
1 - التخطيط والتنسيق وتنفيذ الأنشطة العلميّة وتقديم الخدمات التعليميّة في مجالات المركز.
2. كتابة وتدوين الموضوعات وإصلاحها، وتكييف العناوين والمحتويات التعليميّة لطلاب المركز.
3. تدوين وكتابة الكتب المدرسيّة والمحتوى التعليمي.
4. مراقبة جودة أداء البرامج العلميّة والخدمات التعليميّة.