تأسست مؤسسة الإمام الخميني للتعليم والأبحاث برعاية أستاذ المبرز في الفلسفة، العلامة محمدتقي مصباح اليزدي. الذي بصفته فقيهاً ومفسرًا للقرآن وفيلسوفاً ومفكراً ثاقباً وله مكانة مرموقة في المواضيع الإسلامية وكذلك لديه معرفة عميقة بمشاكل وقضايا المعاهد الحوزوية وإحتياجات المجتمع والذي أسهم بكثير في تطويرها الكمي والنوعي مع تقديم البرامج المبتكرة بما في ذلك إنشاء مؤسسة الإمام الخميني للتعليم والأبحاث.

في ظل العنايات الإلهية وتحقيقاً لأوامر اللجنة الرئاسية للمؤسسة، وصولاً لأهداف المراکز الحوزوية في عالم العلم والتقنية وتأكيداً على مكانة المؤسسة، بغية تطوير المعارف الإسلامية في أنحاء العالم بمساعدة أحدث التقنیات وأساليب التعليم عن بعد في محيط إفتراضي وكذلك نظراً لخلفيتها المتألقة ورصيدها العلمي المذكور، قامت مؤسسة الإمام الخميني للتعليم والأبحاث في 25 شباط 2007 التي كان تصادف عيد ميلاد الإمام الموسى الكاظم (ع) بتأسيس مركز التعليم الإلكتروني والنصف الحضوري الإمام الخميني، لكي يتوافر لمتعطشي المعارف الإسلامية في أنحاء العالم فرصة ذهبية لتعليم المعارف الإسلامية.